李濠松法務部檢察司副司長新聞宣導組邱兆平行政院新聞傳播處處長曹凱玲衛福部疾管署公關主任負責防疫宣導、民眾諮詢及政府行銷策略。 法制組陳明堂法務部政務次長指揮中心於4月14日新成立法務組。 三級開設為疾管署法務，二級開設為衛福部法規會，一級開設為法務部參與，主要由陳明堂次長與會。 由於對民眾生活限制增多，涉及多種法律問題，因此將法務工作從行政組移出，由陳明堂次長主持。 劉定萍微生物學家、衛生福利部疾病管制署疫情中心主任 邊境檢疫組陳宗彥內政部政務次長鍾景琨內政部移民署署長負責邊境線上全球旅客入境檢疫措施。 何麗莉衛生福利部疾病管制署檢疫組組長蔡志儒大陸委員會法政處處長社區防疫組莊人祥●衛福部疾管署副署長負責社區關懷、居家檢疫及隔離追蹤、在宅醫療、心理輔導等工作。
- 楊靖慧衛福部疾管署急性傳染病組組長林清淇內政部民政司司長賈淑麗●衛生福利部國民健康署副署長醫療應變組石崇良●衛福部常務次長羅一鈞●感染症學家、衛福部疾管署副署長。
- 2022年2月24日，指揮中心指揮官陳時中宣佈，國內邁入「經濟防疫新模式」，自3月1日起取消警戒分級改為每月檢討防疫措施。
- （一）2020年1月20日報請行政院覈准成立「嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心」並以三級開設。
- 6月7日，疫情記者會從每天舉辦改為一週一次，訂於每週三下午2時舉行。
- 李伯璋衛生福利部中央健康保險署署長王必勝衛生福利部附屬醫療及社會福利機構管理會執行長物資組陳正祺經濟部政務次長陳佩利經濟部工業局主任祕書負責各式醫療物資供應、分配及管理。
2005年，行政院衛生署疾病管制局成立「國家衛生指揮中心」（NHCC）後，即結閤中央流行疫情指揮中心、生物病原災害中央災害應變中心、反生物恐怖攻擊指揮中心及中央緊急醫療災難應變中心等功能，共同架構完整的防災啟動機制。 中央流行疫情指揮中心2025 指揮中心提醒，由於醫院屬於高感染傳播風險場域，疫情期間儘量避免不必要的探病，建議以視訊或電話方式替代實地探視。 若仍有實地探視需求，探病者進入醫院應全程佩戴口罩，並遵循呼吸道衛生與咳嗽禮節及落實手部衛生等相關感染管制措施，以保障自身及病人健康安全。 防疫應變所需之新聞發布、教育宣導、傳播媒體優先使用、入出國（境）管制、居家檢疫、國際組織聯繫與合作、機場與港口管制、運輸工具徵用、公共環境清消、勞動安全衛生、人畜共通傳染病防治及其他流行疫情防治必要措施。 中央流行疫情指揮中心2025 ，簡稱中央疫情指揮中心）為中華民國國家衛生指揮中心（NHCC）在因應傳染病大流行而設置之中央層級的任務編組單位。
中央流行疫情指揮中心: 嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心
6月7日，疫情記者會從每天舉辦改為一週一次，訂於每週三下午2時舉行。
楊靖慧衛福部疾管署急性傳染病組組長林清淇內政部民政司司長賈淑麗●衛生福利部國民健康署副署長醫療應變組石崇良●衛福部常務次長羅一鈞●感染症學家、衛福部疾管署副署長。 2020年1月20日，因應國際已有多起嚴重特殊傳染性肺炎案例，國家衛生指揮中心針對該疾病開設「嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心」，由疾管署署長周志浩擔任指揮官。 中央流行疫情指揮中心 1月23日，行政院將該指揮中心提升為二級開設，指揮官改由時任衛生福利部部長陳時中擔任，副指揮官由時任衛生福利部政務次長何啟功擔任。 2月27日，行政院將該指揮中心再提升為一級開設，指揮官繼續由時任衛生福利部部長陳時中擔任。
中央流行疫情指揮中心: 傳染病與防疫專題
2022年2月24日，指揮中心指揮官陳時中宣佈，國內邁入「經濟防疫新模式」，自3月1日起取消警戒分級改為每月檢討防疫措施。 中央流行疫情指揮中心 2021年1月12日，因應部桃羣聚感染事件，重啟每日記者會。 5月中，臺北市與新北市率先升三級警戒，隨後全臺升三級警戒。 至7月27日，指揮中心因應疫情趨緩而防疫警戒調降至二級。
與生物病原災害中央災害應變中心、反生物恐怖攻擊指揮中心及中央緊急醫療災難應變中心等4個任務編組相互結合，同屬國家衛生指揮中心的一環，依疫情及災變需求而開設相對應的指揮應變中心。 （一）2020年1月20日報請行政院覈准成立「嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心」並以三級開設。 中央流行疫情指揮中心自2005年迄今已開設9次，包括登革熱、腸病毒、H1N1、H7N9、狂犬病、茲卡病毒與目前的嚴重特殊傳染性肺炎。 中央流行疫情指揮中心依據《中央流行疫情指揮中心實施辦法》所負職責如下： 1.
中央流行疫情指揮中心: 訊息專區
負責管理傳染病防治醫療網、集中檢疫場所、大型收治場所等感染管制事項。 李伯璋衛生福利部中央健康保險署署長王必勝衛生福利部附屬醫療及社會福利機構管理會執行長物資組陳正祺經濟部政務次長陳佩利經濟部工業局主任祕書負責各式醫療物資供應、分配及管理。 蔡壽洤衛福部祕書處處長研發組梁賡義●國家衛生研究院院長 中央流行疫情指揮中心 吳秀梅衛生福利部食品藥物管理署署長負責研發快篩試劑、疫苗、藥物、流行病學預測及建立肺炎疫情研究網及資料庫。 資訊組簡宏偉行政院資通安全處處長龐一鳴●衛生福利部資訊處處長 負責疫情資訊之架構。 行政組張雍敏衛福部主任祕書 鄧如秀衛福部疾管署主任祕書負責防疫相關法制、調查假訊息及相關庶務。